Kiedy Infantino zaakceptował specjalne traktowanie przed mistrzostwami świata 2018 i 2022, których gospodarzami są kolejno Rosja i Katar, pojawiła się kwestia potencjalnego konfliktu interesów. Gospodarze zorganizowali prywatne odrzutowce dla Infantino i jego personelu związane z wizytami w Rosji i państwie Zatoki Perskiej. Według izby śledczej nie doszło do naruszenia prawa.
Chociaż śledztwo zostało umorzone, Infantino nie uniknął słów krytyki. Karl-Heinz Rummenigge, prezes Bayernu Monachium, skrytykował go za niewywiązanie się z obietnic dotyczących przejrzystości, demokracji i zarządzania. „Do tej pory w moich oczach to się nie udało” – narzekałGerman power players Rummenigge and Grindel slam Infantino presidency [data dostępu: 2021-07-15] ..
W lipcu 2020 roku pojawiły się kolejne zarzuty, gdy Infantino został oskarżony o tajne spotkanie z Michaelem Lauberem, prokuratorem generalnym Szwajcarii. Lauber złożył rezygnację po tym, jak sąd uznał, że zatuszował spotkanie i okłamał przełożonych podczas dochodzenia prowadzonego przez jego biuro w sprawie korupcji związanej z FIFA. Natomiast Infantino stwierdził, że nie było nieprawidłowościGianni Infantino: Legal proceedings launched against Fifa president [data dostępu: 2020-07-30] ..