Opady są niewielkie. Na większości obszarów mają przebieg charakterystyczny dla terenów półpustynnych i pustynnych. Na południu kraju średnia opadowa roczna wynosi około 50 mm. Na wschodzie kraju do 100 mm. Najwięcej pada na północnym zachodzie, gdzie roczne wartości dochodzą do 800 mm. Na pustyniach do częstych zjawisk należą burze pustynne i pyłowe. Opady zaś skupiają się głównie okresie zimowym.
Wody mały|Ruiny mostu nad rzeką Yarmouk Zasoby wód powierzchniowych Jordanii są bardzo ubogie. Główną rzeką kraju jest Jordan, która wyznacza granicę z Izraelem i Autonomią Palestyńską. Jordan w granicach Jordanii liczy 134 km długości, wpada do Morza Martwego. Do głównych dopływów Jordanu należą Jarmuk na granicy z Syrią i Nahr az-Zarka. Reszta kraju to obszary bezodpływowe zajęte przez rzeki okresowe tak zwane wadi. Jordania podobnie jak inne kraje strefy zwrotnikowej, posiadają znaczne zasoby wód podziemnych, które są głównym źródłem wody dla mieszkańców kraju.