Sezon 1988/1989 Pucharu Świata w biegach narciarskich rozpoczął się 10 grudnia 1988 we francuskim La Feclaz dla kobiet oraz w austriackim Ramsau dla mężczyzn. Ostatnie zawody z tego cyklu rozegrano 12 marca 1989 w szwedzkim Falun.
Puchar Świata rozegrany został w 10 krajach i 11 miastach. Najwięcej zawodów zorganizowali Szwajcarzy, którzy 3 razy gościli najlepszych biegaczy narciarskich świata.
Obrońcą Pucharu Świata wśród mężczyzn był Szwed Gunde Svan, a wśród kobiet Finka Marjo Matikainen.
W tym sezonie w pucharze świata triumfowała Jelena Välbe wśród kobiet oraz ponownie Gunde Svan wśród mężczyzn.
Kalendarz i wyniki Mężczyźni Lp.DataMiejscowośćDystans1. miejsce2. miejsce3. miejsce1.10 grudnia 1988 Ramsau15 km s. dowolny Torgny Mogren Gunde Svan Uwe Bellmann2.11 grudnia 1988 RamsauSztafeta 4 × 10 km3.14 grudnia 1988 Bohinj30 km s. dowolny Gunde Svan Torgny Mogren Pål Gunnar Mikkelsplass4.17 grudnia 1988 Val di Sole15 km łączony Gunde Svan Torgny Mogren Pål Gunnar Mikkelsplass5.7 stycznia 1989 Kawgołowo15 km s. klasyczny Vegard Ulvang Pål Gunnar Mikkelsplass Władimir Smirnow6.8 stycznia 1989 KawgołowoSztafeta 4 x 10 km7.13 stycznia 1989 Nové Město15 km s. dowolny Gunde Svan Pål Gunnar Mikkelsplass Vegard Ulvang8.15 stycznia 1989 Nové Město30 km s.