Na przełomie lat 70. i 80. doszło do studenckich protestów antyrządowych, które zostały krwawo stłumione. W 1985 roku wybuchła sześciodniowa wojna graniczna między Mali a Burkina Faso, a w 1990 roku doszło do wybuchu rebelii Tuaregów, którzy powrócili do kraju z emigracji w Algierii i Libii, rebelia trwała do 1995 roku. Traoré pod koniec lat 80. rozpoczął neoliberalny program reform gospodarczych wspartych przez Bank Światowy. Wraz z programem pod naciskiem Międzynarodowego Funduszu Walutowego zmuszony był wprowadzić niepopularne reformy oszczędnościowe i przeprowadził liberalizację gospodarki. Doprowadziło to do wzrostu niezadowolenia społecznego, a w efekcie do wielotysięcznych demonstracji i marszu na Bamako 22 marca 1991, kiedy to zginęło ok. 300 osób. 4 dni później przeprowadzono zamach stanu, odsuwając Traoré od władzyMalijczyk opowiada o historii Mali..
W 1993 roku został skazany na karę śmierci za zbrodnie z okresu swej dyktatury, głównie za masakrę w Bamako w marcu 1991 roku. W 1999 roku ponownie wydano na niego i jego żonę Mariam wyrok śmierci, tym razem za defraudację państwowych pieniędzy. Jednak ówczesny prezydent Alpha Oumar Konaré zamienił oba wyroki na dożywotnie więzienie.