Gra jest podzielona na rozdziały, które z kolei dzielą się na akty. Kolejne akty rozpoczynają się po wykonaniu przez gracza przewidzianych przez twórców gry czynności. Rozgrywka została zaplanowana w taki sposób, aby gracz musiał przejść przez wszystkie ważne elementy gry, jednakże duże fragmenty fabuły są opcjonalne i użytkownik może zignorować wiele pobocznych zadań. Rozgrywka bierze pod uwagę także upływ czasu – pusty pokój w jednym akcie, w kolejnym może zawierać ważną wskazówkę.
I nie było już nikogo zawiera dziennik, w którym zapisywane jest wszystko, czego potrzebuje gracz, by przejść grę, na przykład rozmowy z innymi postaciami. Dziennik jest podzielony na kilka kategorii zapisków, np. opisy postaci, osobne opisy ważnych przedmiotów, dokumentów i książek. Informacje są przez cały czas dostępne dla gracza.