Około 1300 roku na miejscu wyburzonego późnoromańskiego prezbiterium wzniesiono nowe gotyckie o dwóch przęsłach i poligonalnym zamknięciu (6/10). Zachowano dawną romańską kryptę oraz późnoromańską przegrodę chórową. Wnętrze otrzymało bogaty gotycki wystrój, z którego do dziś zachowało się niewiele, jednakże w niemal całości przetrwał zespół witraży z XIV i XV w.
Dalsze dzieje W roku 1532 katedra uległa częściowemu zniszczeniu przez pożar. Ogień strawił niektóre dachy, sklepienia i część średniowiecznego wystroju wnętrza, w tym fragmenty zachodniej przegrody chórowej. W latach 1711 i 1713 wschodnie wieże nakryto obecnymi barokowymi hełmami z latarniami. Barokowy wystrój wnętrza z lat 30. XVIII wieku został niemal całkowicie usunięty w ramach gruntownej restauracji świątyni w latach 1874–1878 w celu przywrócenia świątyni średniowiecznego charakteru. Po 1884 r. wzniesiono planowaną w średniowieczu wieżę południowo-zachodnią, obie wieże nakryto jednolitymi neogotyckimi hełmami. W latach 1936–1940 przeprowadzono badania archeologiczne pod wirydarzem. Wzniesiono w tym czasie budynek wschodnim skrzydle zabudowań kanonickich łączący kaplicę Trzech Króli z przedsionkiem transeptu katedry. W latach 1960–1968 przeprowadzono renowację katedry.