Studenckie strajki Bardzo niespokojnym okresem były lata 1968–1969, kiedy to fala gwałtownych protestów i strajków ogarnęła większość uczelni w kraju. Do największych doszło na Uniwersytecie Tokijskim. Przyczyny tych buntów były różne – studenci chcieli mieć większy wpływ w zarządzaniu szkołami, zarzucali władzy korupcję. Jednak głównym powodem zamieszek był konflikt wokół systemu nauczania na Wydziale Medycznym w kwietniu 1968. Niedługo potem studenci rozpoczęli okupację kampusów, wznosili barykady na korytarzach i w aulach, odwołano wszystkie zajęcia. Ponieważ spór narastał, a studenci nie chcieli ustąpić, 18 stycznia 1969 policja przypuściła szturm. Wiele osób ucierpiało, gdyż studenci postanowili się bronić przy pomocy kamieni i koktajli Mołotowa. Strajki ostatecznie zakończyły się wiosną tego samego roku. Straty wyniosły blisko 400 tys. dolarów. Po tych wydarzeniach wprowadzono surowe prawa, które miały zapobiec w przyszłości takim wystąpieniom.
Wydziały Obecnie uniwersytet ma dziesięć wydziałów: