Na Litwie Mekas jest znany jako poeta oraz prozaik. Jego dzieła ukazywały się zarówno w języku litewskim, jak i po angielsku. Publikował też liczne dzienniki i pamiętniki, m.in. I Had Nowhere to Go: Diaries, 1944–1954, Letters from Nowhere oraz Just like a Shadow, a także teksty krytyczne, teoretyczne i dotyczące praktycznej strony realizacji filmu.
10 listopada 2007 roku Jonas Mekas otworzył Jonas Mekas Visual Arts Center w Wilnie. Znajdują się w nim archiwa i biblioteka poświęcone awangardzie filmowej, których przeważającą część stanowią zbiory Mekasa oraz George’a Maciunasa, twórcy ruchu artystycznego Fluxus. Mekas planuje również budowę Fluxus Research Institute (Instytut Badań nad Fluxus).
1 czerwca 2010 roku otrzymał nagrodę Smoka Smoków podczas jubileuszowej 50. edycji Krakowskiego Festiwalu Filmowego.