Separacja funkcjonalna – jeden ze sposobów oddzielania pewnych elementów przedsiębiorstwa, w celu zwiększania konkurencji na rynku – obok: separacji strukturalnej (fizyczny podział na dwa odrębne przedsiębiorstwa, należące do jednego właściciela) i separacji własnościowej (sprzedaż części przedsiębiorstwa innemu właścicielowi). Separacja funkcjonalna polega na wydzieleniu w ramach tego samego przedsiębiorstwa co najmniej dwóch jednostek organizacyjnych, z których każda zajmuje się świadczeniem innych usług.
Pojęcie separacji funkcjonalnej jest poruszane w kontekście wzmacniania konkurencji na rynku telekomunikacji i w tym przypadku polega na wydzieleniu w ramach jednego operatora telekomunikacyjnego dwóch jednostek organizacyjnych, z których jedna zajmuje się świadczeniem usług hurtowych z wykorzystaniem należącej do operatora infrastruktury telekomunikacyjnej, a druga świadczeniem usług detalicznych.
Separacja funkcjonalna na świecie Wielka Brytania Duże doświadczenie co do separacji funkcjonalnej ma Wielka Brytania, gdzie doszło do niej w firmie British Telecom.