Polityka firmy zmieniła się, gdy 21 października 2013 roku sieć sklepów Biedronka udostępniła dla klientów system do obsługi płatności mobilnych iKASA. Dzięki tej platformie płatności telefonem w sklepach Biedronka mogły dokonywać osoby posiadające rachunek w Alior Banku lub Getin Banku. Z płatności mobilnych w sklepach Biedronka mogli też skorzystać klienci Banku Pekao SA, w oparciu o system PeoPay. Sytuacja zmieniła się w 2014 roku, kiedy maksymalna prowizja za płatność kartą została obniżona (do 0,5%, a następnie do 0,2%). 16 czerwca 2014 roku Biedronka wprowadziła płatność kartą płatniczą (VISA, MasterCard). Bankiem obsługującym Biedronkę jest Bank Pekao SA.
Kontrowersje W kwietniu 2004 roku, w programie TVN Uwaga! wyemitowano reportaż, który zarzucał, że zatrudniani w Biedronce pracownicy nie są odpowiednio wynagradzani za nadgodziny, oraz że dochodzi do regularnego fałszowania ewidencji pracy by ukryć te nieprawidłowości. Doniesienia opierały się m.in. na informacjach przekazanych przez Bożenę Łopacką, byłą kierowniczkę sklepu Biedronka w Elblągu. Po nadaniu reportażu złożona została seria pozwów sądowych przeciwko właścicielom Biedronki, ale tylko w części przypadków jednoznacznie orzeczona została wina pracodawcy.