Wybór na arcybiskupa W 1590 r. zmarł arcybiskup Martin Medek, a w archidiecezji praskiej rozpoczął się trwający dwa lata okres sediswakancji. Pojawiło się dwóch kandydatów na nowego arcybiskupa: Christoph Popel von Lobkowitz, przewodniczący sądu apelacyjnego oraz opat strahowski Jan Lohelius. Pierwszy z nich nie posiadał święceń kapłańskich, a drugi miał za małe poparcie.
Ostatecznie 14 grudnia 1592 r. cesarz Rudolf II Habsburg mianował nowym arcybiskupem metropolitą praskim Zbynka, który uzyskał prowizję papieską dopiero 21 czerwca 1593 r. od nuncjusza Cesare Specciano. Tak długi okres oczekiwania spowodowany był oskarżeniami wobec Zbynka, że rzekomo w młodości sympatyzował z utrakwistami. Jego konsekracja biskupia miała miejsce 10 października tego samego roku. Jednocześnie został wielkim mistrzem Zakonu Krzyżowców z Czerwoną Gwiazdą.