Początkowo przyjmowano kilkaset pacjentów rocznie, głównie ubogich. W latach 1837–1841 koszty leczenia w 75% pokrywała kasa chorych miasta BydgoszczyBoguszyński Mieczysław: Od warsztatu balwierskiego do szpitala klinicznego. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2008. . W 1864 r. w pokojach chorych i na korytarzach zainstalowano oświetlenie gazowe, a po 1896 r. – elektryczne. W 1878 r. budynek został rozbudowany o dodatkowe skrzydło wzdłuż ul. Gdańskiej i otrzymał tego samego roku jednolitą historyzującą fasadę o formach neorenesansowych i neomanierystycznych. Wewnątrz rozmieszczono 70 łóżek dla chorych. W 1897 r. radca miejski Lewin Louis Aronsohn ufundował na rzecz szpitala pierwszy w mieście aparat rentgenowski.
W okresie międzywojennym lekarzem naczelnym szpitala był początkowo dr Jan Biziel, a potem dr Edward Soboczyński – radca miejski, decernent do spraw sanitarnych i szpitalnictwa Zarządu Miejskiego, inicjator budowy nowego dużego szpitala miejskiego w Bydgoszczy, co miało miejsce w latach 1928-1937. W szpitalu funkcjonowały oddziały: wewnętrzny (dr Aleksander Idaszewski, dr Antoni Tomicki), laryngologiczny (dr Edward Soboczyński) i chirurgiczny (dr Zygmunt Dziembowski). Oddział ginekologiczno-położniczy (dr Józef Krzymiński) zorganizowano w 1925 r. w budynku przy ul. Gdańskiej 71a.