W ich trakcie odkryto ścienne malowidła z początku XVII w., przedstawiające Ostatnią Wieczerzę, a także masywne, profilowane belki stropowe na obydwu kondygnacjach budynku, z wyciętymi rozetami i datą 1616, poświadczającą zapiski dotyczące daty założenia klasztoruRemontując muzeum w Bydgoszczy, odkryli na ścianie "Ostatnią Wieczerzę". W toku prac uzupełniono tynki i odtworzono detale, a elewacji nadano piaskowy kolor. Zrezygnowano tym samym przewidzianego pierwotnie koloru ceglanego, o czym przesądziło odkrycie najstarszych powłok malarskichMuzeum przy Gdańskiej będzie miało elewację w innym kolorze, niż zakładał projekt. W 2019 przystąpiono do budowy nowej części muzeum, która utrzymana w kolorze bieli i czerni nawiązuje kształtem do bydgoskich spichrzy. Połączenie ze starym budynkiem zapewniono za pomocą szklanego łącznika. Od strony południowej, tj. ogrodu klasztornego, powstała prosta elewacja nawiązująca wielkością okien do istniejącego budynku muzeum. Na poziomie poddasza zlokalizowano m.in. taras, duże przeszklenia oraz widok na ogród i kościół Klarysek. Po zakończeniu inwestycji muzeum wzbogaciło się o m.in.