Sezon 2002/2003 i Liga Mistrzów W sezonie 2002/2003 grał już tylko w 9 meczach, co było spowodowane kontuzjami w sierpniu 2002 roku i lutym 2003. Kallon powrócił do gry w maju, po wcześniejszej kontuzji Gabriela Batistuty. Grał w obydwu spotkaniach Ligi Mistrzów przeciwko Milanowi, gdyż Batistuta nie był zgłoszony do rozgrywek. W obydwu występował w drugiej połowie, zmieniając najpierw Álvaro Recobę, a następnie Hernána Crespo.
2003/2004: Przyłapanie na dopingu W trakcie rundy jesiennej sezonu 2003/2004, dokładnie 27 września 2003 roku, po meczu Interu z Udinese Calcio, Mohamed Kallon przeszedł testy, które wykryły u niego zakazaną substancję – nandrolon. Był to kolejny taki przypadek, wcześniej stosowanie nandrolonu wykryły testy u, między innymi: Jaapa Stama, Franka de Boera, Edgara Davidsa, Fernando Couto, czy Josepa Guardioli. Afrykańczyk został zawieszony na osiem miesięcy. W trakcie sezonu 2003/2004 powrócił na boiska Serie A, jednak ponownie walczył o występy w pierwszej „jedenastce”, bowiem w tym czasie prawdziwy rozkwit przeżywał Obafemi Martins, zaś do składu powrócił również brazylijski as Adriano.