W XVII i XVIII w. jako kościół parafialny funkcjonował kościół św. Piotra w Vadstenie. Znajdował on się on kilkaset metrów na południe. Nazywany był Czerwonym Kościołem (od koloru cegieł) w odróżnieniu od kościoła klasztornego, który nazywano Błękitnym, używanego głównie przy okazji pogrzebów i większych uroczystości. Podczas przebudowy w latach 1781-1786 obniżono wysoką pierwotnie konstrukcję dachową kościoła klasztornego, a trójpołaciowy dwuspadowy dach zamieniono na zwykły dwuspadowy.
W 1829 Kościół Błękitny stał się na powrót kościołem parafialnym, a Czerwony Kościół wyburzono, zostawiając z niego tylko jego XV-wieczną wieżę, jako że kościół klasztorny był i jest pozbawiony wieży-dzwonnicy. Wieża po Czerwonym Kościele spełnia funkcję dzwonnicy również i dzisiaj.
W latach 1892–1898 były kościół klasztorny poddano zakrojonej na szeroka skalę restauracji, w trakcie której podwyższono dach, dodając drugą połać i zbudowano sygnaturkę.
W trakcie ostatniej restauracji w latach 1978-1983 odsłonięto i zakonserwowano średniowieczne malowidła na sklepieniu.
W 1989 kościół klasztorny w Vadstenie nawiedził papież Jan Paweł II, który ogłosił św.