Burnley 16 maja 2005 roku potwierdzono, że 1 lipca Elliott przejdzie do Burnley na zasadzie wolnego transferu. Podpisał trzyletnią umowę. W klubie tym zadebiutował 6 sierpnia w meczu Football League Championship z Crewe Alexandra (przegrana 2:1). 10 września w zremisowanym 3:3 ligowym spotkaniu z Cardiff City strzelił swoją pierwszą bramkę dla Burnley. W meczu tym dwukrotnie pokonał Neila Alexandra. Łącznie w sezonie 2005/2006 rozegrał 38 meczów we wszystkich rozgrywkach.
Rok później został wybrany najlepszym piłkarzem Burnley w sezonie. Osiągnięcie to powtórzył w następnym sezonie. W czasie tych dwóch lat w Burnley rozegrał 92 mecze. 27 marca 2008 roku przedłużył kontrakt z klubem o trzy lata, do 2011 roku. W sezonie 2008/2009 również był podstawowym zawodnikiem. Zagrał w 56 spotkaniach, w których zdobył 6 bramek. 25 maja 2009 roku zdobył bramkę z dystansu w finale play-offów o awans do Premier League z Sheffield United. Dzięki tej bramce Burnley po 33 latach awansowało do najwyższej klasy rozgrywkowej w Anglii. Elliott został również wybrany przez BBC najlepszym zawodnikiem tego meczu.