Na kolejnych mistrzostwach świata już nie startował.
Ponadto Waganow ośmiokrotnie zdobywał tytuł mistrza Związku Radzieckiego: w biegu na 15 km w latach 1960, 1962 i 1964 oraz w sztafecie w latach 1960, 1962, 1963, 1964 i 1965. Po zakończeniu kariery Waganow pracował jako trener. W 1960 roku otrzymał Order „Znak Honoru”.
Osiągnięcia Igrzyska olimpijskie 50px Miejsce Dzień Rok Miejscowość Konkurencja Czas biegu Strata Zwycięzca4.19 lutego1960 Squaw Valley30 km stylem klasycznym1:51:03,9 h+1:45,3 min Sixten Jernberg4.23 lutego1960 Squaw Valley15 km stylem klasycznym51:55,5 min+22,5 s Håkon Brusveen3.15px25 lutego1960 Squaw ValleySztafeta 4 × 10 kmSkład drużyny: Anatolij Szeluchin, Giennadij Waganow, Aleksiej Kuzniecow, Nikołaj Anikin2:08:33,5 h+2:36,0 min 7.27 lutego1960 Squaw Valley50 km stylem klasycznym2:59:06,3 h+6:21,3 min Kalevi Hämäläinen19.30 stycznia1964 Innsbruck30 km stylem klasycznym1:30:50,7 h+4:12,4 min Eero Mäntyranta14.2 lutego1964 Innsbruck15 km stylem klasycznym50:54,1 min+1:52,7 min Eero Mäntyranta3.15px8 lutego1964 InnsbruckSztafeta 4 × 10 kmSkład drużyny: Iwan Utrobin, Giennadij Waganow, Igor Woronczichin, Pawieł Kołczin2:18:34,6 h+12,3 s