By przenieść się z jednej rośliny na drugą lub w obrębie dwóch komórek, wirus roślinny musi zazwyczaj uciekać się do innych strategii niż wirusy zwierzęce. Wirusy nie umieją się poruszać i w związku z tym inwazja w obrębie dwóch roślin zachodzi z udziałem wektorów (takich jak owady). Komórki roślinne otoczone są zwartą i nieprzepuszczalną ścianą komórkową, więc główną drogą transportu wirusów między komórkami są plazmodesma. Prawdopodobne jest, iż rośliny wyspecjalizowały w sobie mechanizmy transportu mRNA przez plazmodesmy, domniemywa się, iż te oto mechanizmy są wykorzystywane przez wirusy RNA do przemieszczania z komórki zainfekowanej do komórek sąsiadujących.
Jednym spośród wielu mechanizmów obrony roślin przeciwko infekcjom wirusowym jest wykorzystanie siRNA w odpowiedzi na obecność dsRNA wirusa. Większość wirusów roślinnych koduje w swoim materiale genetycznych białka wyciszające ten rodzaj odpowiedzi ze strony gospodarza roślinnego. Rośliny uciekają się też w odpowiedzi na zranienie do redukowania transportu przez plasmodesmy.