W XVII wieku rządy Habsburgów spotykały się z coraz większym niezadowoleniem. Przyczynami były problemy finansowe Hiszpanii, jej porażki w wojnach, straty terytorialne imperium portugalskiego oraz zarządzenia hrabiego Olivaresa, który odebrał Portugalii i zachodnim prowincjom Hiszpanii przywileje polityczne (zraził tym samym do siebie szlachtę i duchowieństwo), a na poddanych nałożył nowe podatki. Gdy w 1640 wybuchło powstanie w Katalonii, władze Hiszpanii zwróciły się o pomoc do Portugalczyków. Doszło też do rozruchów w Lizbonie, 1 grudnia 1640 zdobyto pałac wicekrólowej a władcą Portugalii został proklamowany Jan, książę Bragança (pod imieniem Jan IV). 28 stycznia 1641 Kortezy potwierdziły jego nominację. Dało to początek nowej dynastii Bragança.
Gdy w 1807 Napoleon najechał Portugalię rodzina królewska przeniosła się do Rio de Janeiro. Ówczesny król Jan VI powrócił do Lizbony w 1821, z powodu powstania liberałów, rozpoczętego w 1820. Pozostawił władzę regencyjną w rękach swojego syna Piotra, który został zmuszony przez brazylijskich możnowładców do zwołania zgromadzenia ustawodawczego i wycofania wojsk portugalskich z Brazylii.