Za Królestwa Kongresowego istniała wiejska gmina Balwierzyszki.
W kwietniu 1915 Żydzi na mocy ukazu carskiego zostali wypędzeni z miejscowości, które znalazło się w strefie przyfrontowej. Powrócili dopiero pod koniec I wojny światowej. W 1921 roku liczba Żydów spadła do 507.
W 1940 roku, gdy Litwa znalazła się pod okupacją sowiecką, zlikwidowano własność prywatną, sklepy i fabryczki. Zakazano działalności organizacjom i partiom.
22 czerwca 1941 roku Niemcy zajęli Balwierzyszki. Niemcy przy pomocy nacjonalistów litewskich aresztowali wszystkich mężczyzn pochodzenia żydowskiego. Zatrzymano ich w budynku administracyjnym i po biciu i torturach przewieziono do obozu pracy w Prenach. Grupa ponad stu osób została prawdopodobnie zamordowana 27 sierpnia 1941 roku w północnej części Pren, na lewym brzegu Niemna. Pozostała w miasteczku społeczność żydowska (głównie kilkaset kobiet i dzieci) została przewieziona do Mariampola i tam 1 września 1941 roku zamordowanaBubnis A., Marijampolie, [w:] Hołokost na tieritorii SSSR, red. I. A. Altman, Moskwa 2009, ss.