od 11 września była ona przydzielona Wojskowej Radzie Rewolucyjnej Frontu Północnego. 28 października 1918 jednak dowódca flotylli D. Nielidow przeszedł z trzema okrętami („Dielfin”, „Narodnik” i „Prezident”) do Pskowa, na stronę białych, wchodząc w skład Flotylli Czudzkiej "białych" siłA. Szyrokorad, Wielikaja riecznaja wojna. 1918-1920 gody (Великая речная война. 1918–1920 годы), Moskwa, Wiecze, 2006, s. 416, ISBN 5–9533–1465–5. Jednostki na jeziorze następnie przechodziły jeszcze kilkakrotnie z rąk do rąk.
21 grudnia 1918 bolszewickie jednostki flotylli zostały podporządkowane 7 Dywizji Piechoty. Flotylla współdziałała z jednostkami lądowymi przeciwko natarciu wojsk Judenicza i interwentów od maja do sierpnia 1919. Posiadała bazę w Raskopele, następnie w Wałdaju. Została rozwiązana w 1919.
Działania w 1941 roku Flotylla została sformowana ponownie 3 lipca 1941 rokuK. Strelbickij, Rzeczne..., s.35 na jeziorze Czudzkim z dywizjonu okrętów szkolnych (3 kanonierki, 13 kutrów artyleryjskich, 6 uzbrojonych parowców i innych jednostek). Główną bazą flotylli był na początku Gdow, potem Vasknarva, a w końcu Mustvee.