Administracyjnie Rostock należał do biskupstwa Schwerin. Finansowo parafia otrzymywała się z kościelnych dziesięcin, opłat za usługi kościelne, dobrowolnych ofiar składanych do puszek kościelnych, zapisów i fundacji. Za te pieniądze wzniesiono kościelne warsztaty (fabrica ecclesiae) nad którymi nadzór samodzielnie mogła sprawować wspólnota parafialna pod przewodnictwem proboszcza. Obok proboszcza nadzór ten sprawowali też świeccy należący do parafii, przeważnie członkowie rady miejskiej.
12 listopada 1419 w kościele Mariackim uroczyście zainaugurowano powstanie uniwersytetu w Rostocku, przez długi czas ściśle związanego z kościołem. Jeszcze dziś wskazuje na to nazwa "stalle profesorskie", którym to mianem określa się stojące poniżej loży książęcej stalle w prezbiterium, jako że kościół aż do ok. 1900 pełnił funkcję zarówno kościoła uniwersyteckiego jak i kościoła rady miejskiej.
W 1531 zawitała do Rostocku reformacja. Jej początki w tym mieście związane były z kościołem św. Piotra, w którym nauczał kaznodzieja Joachim Slüter. W późniejszym czasie natomiast do głosu doszli wybitni teolodzy i zarazem główni pastorzy kościoła Mariackiego, m.in.