król Stefan Batory założył Akademię prowadzoną przez jezuitów, co stało się zalążkiem Uniwersytetu Wileńskiego.
10 lipca 1591 tłum katolicki wywołał zamieszki na tle religijnym. Spalono kościół, dom, przytułek i szkołę ewangelików reformowanych(red.) Steponas Maculevičius, Doloresa Baltrušiene, Znajomość z Litwą. Księga tysiąclecia. Tom pierwszy. Państwo, Kraštotvarka, Kaunas, 1999, , s. 39..
XVII wiek thumb|Kalwiński druk Krzysztofa Kraińskiego, Dziennik, to iest modlitwy wydany w Wilnie w 1605 roku. Rozwój miasta poważnie zahamował wielki pożar w 1610 roku, kiedy spaliło się 4700 domów, 10 kościołów i Zamek DolnyWilno. Przewodnik krajoznawczy Juljusza Kłosa Prof. Uniwersytetu St. Batorego. Wydanie trzecie poprawione, Wydawnictwo Wileńskiego Oddziału Polskiego Towarzystwa Turystyczno-Krajoznawczego, Wilno 1937, s. 21. W 1639 roku miały miejsce kolejne zamieszki na tle religijnym. Kalwini zostali zmuszeni do opuszczenia miasta;