Po II Wojnie Światowej kościół został poświęcony ponownie 23 czerwca 1946 r. stając się teraz kościołem rzymskokatolickim. Pierwszym administratorem parafii na Stołczynie został mianowany 1 sierpnia 1946 r. ks. Henryk Domalewski. Parafię pod wezwaniem Niepokalanego Serca Najświętszej Maryi Panny oficjalnie utworzono 1 czerwca 1951 r. Należały do niej trzy kościoły - w Stołczynie, Skolwinie i Przęsocinie. W 1957 r. z parafii stołczyńskiej została wydzielona parafia Skolwin.
Kolejni polscy proboszczowie, z pomocą parafian, sukcesywnie remontowali kościół, dbając zarówno o jego zabytkowa strukturę budowlaną, jak i komfort aktualnych użytkowników świątyni. Ks. Józef Pochoda-Rogowski (1954-1957) wykonał remonty bieżące. Ks. Andrzej Glapiński (1957-1980), najdłużej sprawujący posługę na Stołczynie proboszcz, odnowił wnętrze kościoła i wykonał szereg innych prac. Za jego kadencji dobudowana została większa zakrystia, w 1960 r. wierni ufundowali witraże, a latach 1980-81 renowacji uległy ołtarz i ambona. Kolejny proboszcz, ks. Bronisław Janowski (1980-1983) przysłużył się kościołowi na Stołczynie dokonując regotycyzacji bryły świątyni. W 1982 r. odsłonięte zostały liczne blendy oraz gotycki portal wejściowy w osi głównej świątyni. Ponadto odnowiono też całe wnętrze kościoła oraz uporządkowano cmentarz wokół kościoła parafialnego.