Stąd jeszcze raz popłynął w stronę Malty i obległ wyspę Gozo.

W czerwcu 1546 Andrea Doria otrzymał rozkaz od cesarza Karola V zmusić Turguta Reisa do odstąpienia od Malty, w związku z czym Doria założył bazę dla swej floty na wyspie Favignana. Do spotkania sił jednak nie doszło, bowiem Turgut Reis pożeglował w sierpniu do Tulonu, gdzie – w bezpiecznym francuskim porcie – dał swym załogom kilka miesięcy odpoczynku.

Dowódca Floty, bej Algieru i Trypolisu Po śmierci Barbarossy w lipcu 1546, Turgut został po nim naczelnym dowódcą osmańskiej Floty Morza Śródziemnego. W lipcu 1547 na czele 23 galer i galeot ponownie uderzył na Maltę będąc pewny, że wobec rewolty, jaka wstrząsnęła Królestwem Neapolu odsiecz dla Malty z tej strony jest mało prawdopodobna. Jego siły wylądowały na Marsa Scirocco, najdalej na południe wysuniętym krańcu wyspy. Stamtąd Turcy pomaszerowali w kierunku kościoła św. Katarzyny. Strażnicy świątynni zobaczywszy ich uciekli w takim pośpiechu, że nawet nie zapalili lontu u beczułki z prochem – wybuch był powszechnie używanym ostrzeżeniem o ataku dla ludności. Złupiwszy wyspę Turgut Reis skierował się ku Przylądkowi Passero na Sycylii, gdzie zaatakował i zdobył galerę Giulia Cicali, syna księcia Vincenza Cicali.