Na wyspie znajdują się bogate złoża miedzi i złota. Podział zysków z ich eksploatacji doprowadził do konfliktu między rządem w Port Moresby a mieszkańcami wyspy. Pod koniec lat 80. XX w. powstała Rewolucyjna Armia Bougainville (ang. Bougainville Revolutionary Army, w skrócie BRA), która w 1989 zażądała niepodległości wyspy. Walki między separatystami a wojskami rządowymi trwały do 1997 i kosztowały życie ok. 20 tys. osób. Oficjalny rozejm podpisano dopiero w 2001 po interwencji rządu Australii. Na podstawie zawartego wówczas porozumienia Wyspa Bougainville’a zyskała status autonomicznej prowincji Papui-Nowej Gwinei i prawo do własnych rządów w sprawach wewnętrznych.
Na przełomie maja i czerwca 2005 r. na wyspie odbyły się pierwsze wybory do autonomicznego parlamentu Bougainville, które wygrał opowiadający się za niepodległością Ludowy Kongres Bougainville. Pierwszym szefem autonomicznego rządu został przywódca Kongresu Joseph Kabui. Po jego śmierci 7 czerwca 2008 i ponownych wyborach, od 6 stycznia 2009 prezydentem jest James Tanis.