Część husytów inspirując się naukami Petra Chelčický utworzyła w 1457 r. Jednotę Braci Czeskich, która kontynuowała reformatorskie tradycje. Bracia czescy odrzucali możliwość prowadzenia walki zbrojnej z katolikami, koncentrując się na działalności gospodarczej, oświatowej i naukowej. Z czasem zaczęli być zwalczani przez utrakwistów, którzy nazywali ich pogardliwie „pikardami”. Czescy radykalni protestanci zakładali liczne szkoły, drukarnie i popularyzowali czeskojęzyczną literaturę w celu udostępnienia jej szerokim masom społecznym. W wyniku tych zmian doszło w latach 1520–1620 do rozwoju czeskiego humanizmu i największego rozkwitu literatury czeskiej, która rozprzestrzeniła się szeroko poza stany duchowny i szlachecki.
Panowanie Habsburgów W 1515 r. Jagiellonowie zawarli układ wiedeński z Habsburgami, dotyczący przyszłych małżeństw między Habsburgami i Jagiellonami. W 1516 r. na tronie zasiadł syn zmarłego Władysława II, Ludwik Jagiellończyk, który zginął bezpotomnie w 1526 r. To otworzyło drogę na tron Ferdynandowi I jako mężowi siostry Ludwika, Anny. Od tego czasu na tronie czeskim zasiadali niemal nieprzerwanie katoliccy Habsburgowie, choć do 1627 r. nie posiadali prawa do dziedziczenia tronu, gdyż każdy kandydat na króla musiał być najpierw zatwierdzany przez zgromadzenie stanów czeskich.