Na miejsce starej, protestanckiej szlachty czeskiej była osadzana nowa szlachta katolicka, w większości niemieckojęzyczna.
W 1635 r. za panowania Ferdynanda II utracono na rzecz Saksonii Łużyce, które nie powróciły w skład Ziemi Korony Czeskiej. Na skutek trzech wojen śląskich (1740–1763) Habsburgowie stracili niemal cały Śląsk na rzecz Prus. Tym samym w granicach Korony Czeskiej pozostała jedynie skrajna południowo-wschodnia część regionu śląskiego, tzw. Śląsk Austriacki.
W drugiej połowie XVII w. dochodzi do stabilizacji ekonomicznej, wzrostu gospodarczego i rozwoju budownictwa, szczególnie architektury barokowej. Za panowania cesarza Józefa II (1780–1790) przeprowadzono szereg reform, m.in. zlikwidowano zakon jezuitów, oddzielono władzę sądowniczą od władzy wykonawczej, zniesiono szarwark (1781) oraz wydano patent tolerancyjny (1781). Jednocześnie doszło do centralizacji i biurokratyzacji państwa oraz germanizacji urzędów i szkolnictwa wyższego. W 1804 r. Czechy stały się integralną częścią Cesarstwa Austriackiego.
Odrodzenie narodowe