W czasie wojny Custer cieszył się ogromną popularnością na Północy, szczególnie wśród płci pięknej, która nazywała go pieszczotliwie „Boy General”. W opinii publicznej był już niemal następcą Sheridana, a wojsko uważało, że stopień brevet generała-majora armii stałej słusznie mu się należy. Jedyną ciemną kartą w jego wojennym życiorysie stanowiły egzekucje dokonywane na konfederackich partyzantach bez sądu. Ostatnim akcentem amerykańskiej wojny domowej była parada zwycięstwa, która miała miejsce 23 maja 1865 roku w Nowym Jorku. Custer jechał na czele 3 Dywizji, a wszyscy żołnierze mieli zawiązane czerwone chustki pod szyją. Był to ostatni znak więzi dowódcy z oddziałem. Kilka dni później ich drogi się rozeszły, gdy gen. Ulysses Grant wezwał ochotników do marszu na Teksas (rzekomo celem spacyfikowania resztek konfederackich instytucji, a w rzeczywistości dla zademonstrowania siły marionetkowemu cesarzowi Meksyku, Maksymilianowi), a wojsko się zbuntowało, w tym także przeciw Custerowi.
Na preriach Zachodu Po zakończeniu wojny wrócił do stopnia kapitana (mimo wniosku