Najbardziej znanym dziełem Dukasa, wykonywanym chętnie także współcześnie, jest scherzo symfoniczne Uczeń czarnoksiężnika (L'Apprenti sorcier) z 1897 roku, oparte na balladzie Johanna Wolfganga Goethego Der Zauberlehrling. Jest to przykład utworu programowego, wyrażającego treść za pomocą dźwięków. Kompozytor odmalował tu muzyczny obraz przygód adepta magii, który pod nieobecność mistrza, na własną rękę, próbuje działania czarów. Szybko okazuje się, że młodzieniec nie potrafi zapanować nad rozpętanymi siłami, co doprowadza do zabawnych sytuacji. Końcowej katastrofie zapobiega przybycie mistrza.
Uczeń czarnoksiężnika został wykorzystany jako jedno z dzieł zilustrowanych w filmie animowanym Fantazja (Fantasia) Walta Disneya. Był to pierwszy film wykorzystujący dźwięk stereofoniczny. W tym wykonaniu Orkiestrą Filadelfijską dyrygował Leopold Stokowski.
Paul Dukas jest też autorem dwóch złożonych i trudnych technicznie utworów fortepianowych: Sonaty es-moll (1901) oraz Wariacji, interludium i finału na temat Rameau (1902). Sonata es-moll, wcześniej rzadko pojawiająca się w repertuarze pianistów, ostatnio wykonywana jest częściej, m.in.