Po kilkudziesięciu latach, przebudowany na kaplicę spichlerz, zaczął się popadać w ruinę i konieczna była budowa nowego kościoła. Wtedy to z inicjatywy ks. kanonika Józefa Zwardonia, w styczniu 1971 roku otrzymano pozwolenie na rozbudowę kaplicy. Plany rozbudowy złożono do zatwierdzenia w czasie, gdy proboszczem był ks. Roman Sapeta. Projekt kościoła wykonał architekt mgr inż. Antoni Mazur, a plan konstrukcji stalowej mgr inż. Mieczysław Czapliński. Rozbudowę kaplicy na kościół rozpoczął 12 grudnia 1972 r. ks. kanonik Bronisław Bułka przy współpracy ks. wikariusza Józefa Jakubca. 11 października 1973 r. ks. kardynał Karol Wojtyła, w dzień Macierzyństwa Matki Bożej, poświęcił kamień węgielny z katedry wawelskiej i wmurował akt erekcyjny w fundamencie kościoła. 4 czerwca 1978 r. ks. kardynał Karol Wojtyła, późniejszy papież Jan Paweł II, dokonał uroczystego otwarcia nowego kościoła, podczas mszy świętej odprawionej przez dziekana kapituły wawelskiej, ks. Stanisława Czartoryskiego.
4 czerwca 1980 roku, w drugą rocznicę otwarcia kościoła, ks. kardynał Franciszek Macharski otworzył i poświęcił w podziemiach nowego kościoła, kaplicę Matki Bożej Myślenickiej.