Parafia św. Mikołaja w Krakowie – parafia rzymskokatolicka należąca do dekanatu Kraków-Kazimierz archidiecezji krakowskiej na Wesołej przy ulicy Kopernika.
Historia parafii Najstarsza wzmianka o kościele pochodzi z dokumentu papieża Grzegorza IX, wystawionego dla benedyktynów w 1229 r., ale został określony jako „capella” (kaplica). Dopiero w dokumencie odpustowym arcybiskupa jerozolimskiego Bazylego z 1298 r. nazwany był „ecclesia Sancti Nicolai prope civitatem Cracoviensem”. W 1327 r. miał już status parafialnego; w XV w., zgodnie ze świadectwem Jana Długosza w Liber beneficiorum, do parafii należały wsie Prądnik, Grzegórzki, Dąbie, Głębinów, Łęg, Rybitwy, Rakowice, przedmieście za Bramą Mikołajską oraz posiadłość zwana Hanusbork. Prawdopodobnie już w XIV w. powstała tu szkoła parafialna, w której nauczano chłopców posługi liturgicznej oraz podstaw czytania i pisania.
W 1456 r. opat Maciej Skawinka i konwent benedyktynów tynieckich przekazali kościół św. Mikołaja wraz z prawem patronatu i uposażeniem Uniwersytetowi Krakowskiemu. Celem tej donacji było wsparcie Uniwersytetu, ale również, wydaje się, zapewnienie zakonnikom kształcenia się.