W 1946 zwyciężył w wyborach prezydenckich. Kampanii wyborczej towarzyszyła fala represji przeciwko liberalnej opozycji. W 1947 utworzył Partię Peronowską, głoszącą program sprawiedliwości społecznej i tzw. peronizm. W czasie prezydentury tworzył państwo opiekuńcze oparte na wizji korporacjonizmu w faszystowskim wydaniu. Zwiększał ingerencje państwa w gospodarce i wprowadził do niej elementy socjalizmu. Znacjonalizował koleje, banki, sieć telefoniczną, część zakładów przemysłowych i flotę handlową. Finansował roboty publiczne i zwiększył wynagrodzenia dla robotników. W polityce zagranicznej zajmował stanowisko antybrytyjskie i antyamerykańskie. W 1949 zmienił konstytucję. Nowa zwiększyła uprawnienia prezydenta i pozwoliła mu na autorytarne rządy. W 1951 uzyskał reelekcję. W 1953 zniósł swobodę zrzeszania się i zlikwidował wolność prasy. Jednocześnie pogorszył swoje relacje z Kościołem katolickim, który ekskomunikował go. Reformy Peróna doprowadziły do izolacji Argentyny, pogorszenia się sytuacji ekonomicznej i spadku poziomu życia obywateli.
Obalony w 1955 przez wojskowy zamach stanu. Udał się na wygnanie do Paragwaju. Od 1960 przebywał w Hiszpanii. Pod nieobecność Peróna w kraju rozwijał się zbrojny ruch partyzancki jego zwolenników znany jako Montoneros.