W 2009 roku na wyspie Atari, która stała się stocznią dla Macrossa, odbywa się ceremonia włączenia statku do służby, jednak zostaje ona gwałtownie przerwana po pojawieniu się na ziemskiej orbicie floty Zentreadi, rasy genetycznie przystosowanych do wojny gigantów, którzy natychmiast rozpoczynają atak mający na celu porwanie (i w razie ostateczności, zniszczenie) Macrossa. Po pierwszej, zaciekłej bitwie, lokalne wojska ONZ decydują się na desperacki ruch: używając eksperymentalnego hipernapędu, przenoszą jednostkę SDF-1 w kosmos by uciec przed przeważającymi siłami wroga. Plan odnosi sukces, ale wysokim kosztem – wyspa Atari zostaje zniszczona, a Macross materializuje na drugim końcu Układu Słonecznego wraz z 50 000 osób, którzy znaleźli się w polu teleportacji statku. Ponieważ hipernapęd uległ zniszczeniu podczas pierwszego użycia, załoga latającej fortecy nie ma wyboru i musi odbyć podróż powrotną na Ziemię z pod-świetlną prędkością, narażając się na ciągłe ataki ze strony Zentreadi.