W 1665 roku podjęto decyzję o odbudowie kościoła. W mieście mieszkało wielu Żydów, z tego powodu w roku 1699 zbudowano nową synagogę (poprzednia została zniszczona podczas potopu szwedzkiego). Początek XVIII wieku przyniósł największe zniszczenia dla Fordonu. Wojna północna przyczyniła się do wyludnienia miasta, ponadto wielokrotne pożary, a także powódź spowodowały, że w 1726 roku pisano o Fordonie jako o „ubogim miasteczku”.
Zabór pruski 5 grudnia 1772 roku – w wyniku pierwszego zaboru pruskiego – Fordon znalazł się pod panowaniem Prus. Po niedługim czasie miasto wcielono do Księstwa Warszawskiego, a 6 czerwca 1812 roku w pobliżu odpoczywał wraz ze swoim wojskiem cesarz Napoleon Bonaparte. W 1831 roku spośród 2 tys. mieszkańców Fordonu prawie 1,5 tys. stanowili Żydzi. W 1853 roku w byłym budynku komory celnej utworzono dom poprawczy (późniejsze więzienie) dla kobiet. W 1859 roku powstała Ochotnicza Straż Pożarna, dla której w 1909 roku wybudowano remizę. W latach 1877–1879 wybudowano kościół ewangelicki pod wezwaniem św. Jana. Koniec XIX w. i początek XX w. to epoka rozwoju przemysłu. W tym czasie powstało wiele przedsiębiorstw i fabryk, m.in. tartak (1889 r.), cegielnia (1889 r., rozebrana w lipcu 2014), fabryka papy dachowej (1895 r.) i wiele innych. W latach 1891–1893 wybudowano most fordoński według projektu prof.