Hood dołączył do swoich ludzi 1 września. Pod Chickamaugą Hood poprowadził atak Longstreeta, wykorzystując przerwę w liniach federalnych, doprowadzając do pokonania armii Cumberlandu gen. dyw. Williama Rosecransa. Został ponownie ranny, na tyle niefortunnie, iż amputowano mu nogę 10 cm poniżej biodra. Jego stan był na tyle poważny, że chirurg posłał uciętą nogę wraz z jej byłym właścicielem, podejrzewając rychły pogrzeb. Za okazane pod Chichamaugą męstwo, Longstreet rekomendował 20 września Hooda do awansu na generała broni.
Podczas kolejnej rekonwalescencji w Richmond tej samej jesieni, Hood poznał konfederackiego prezydenta Jeffersona Davisa, który później chętnie go promował.
Głównodowodzący armii Tennessee thumb|left|225px|Generał John Bell Hood Wiosną 1864 roku konfederacka armia Tennessee gen. Josepha Johnstona była zaangażowana w podjazdową kampanię przeciwko generałowi Williamowi Shermanowi, który spychał południowców po starciu pod Chattanoogą w kierunku Atlanty. Hood, wraz z podwładnymi Johnstona, Joem Wheelerem, Williamem Hardee’em oraz AP Stewartem słał do Richmond krytyczne listy opisujące działania dowódcy.