W 1858 r. Francja formalnie zgłosiła roszczenia do atolu i zaanektowała go. Wyspa została wcielona w skład Kolonii Oceanii, czyli późniejszej Polinezji Francuskiej. W tym czasie armator z Hawru, Lockhardt, otrzymał od Napoleona III monopol na eksploatację guana na atolu. Okazało się jednak, że złoża tego nawozu na wyspie są zbyt małe, by ich eksploatacja była opłacalna. W roku 1895 próbę eksploatacji guana podjęła tu brytyjska Pacific Islands CompanyChristophe Forcari: Clipperton, un destin noir au milieu de nulle part, „La Libération”, 21 czerwca 2016. (później Nauruańska Korporacja Fosforytowa). Francuzi nie dopuścili jednak do penetracji atolu przez konkurencję. Równolegle z interwencją na drodze dyplomatycznej wysłali w rejon wyspy Clippertona swój krążownik. Gdy przedsiębiorcy zrezygnowali z prac, a okręt francuski odpłynął, w 1897 r. atol zajął Meksyk, a w 1906 r. wybudował na nim niewielką latarnię morską i zostawił tam strażników. Aby podkreślić meksykańską suwerenność nad atolem, w 1907 roku meksykański prezydent Porfirio Díaz wysłał tam mały oddział złożony z jedenastu żołnierzy wraz z żonami, pod rozkazami kapitana Ramona Arnauda. Meksykańska marynarka miała dostarczać na wyspę paliwo do palnika latarni, wodę, prowiant i inne niezbędne do życia produkty trzy razy do roku, jednak dostawy przerwano.