Otwarty konflikt między braćmi doprowadził 7 maja 1520 do podziału księstwa Meklemburgii na dwie części: Schwerin i Güstrow. Klasztor w Bad Doberan znalazł się pod panowaniem Schwerin, podlegającym księciu Henrykowi V, który do wsparcia reformacji wezwał w 1521 Joachima Slütera z Uniwersytetu w Rostocku. Poprzez Slütera nawiązał on ścisły kontakt z Wittenbergą. To Slüter był tym, który pchnął naprzód dzieło reformacji w Meklemburgii. Klasztor w Bad Doberan znajdował się pod ochroną księcia. Podczas wizytacji zainicjowanej w 1552 przez księcia Johanna Albrechta I Meklemburskiego opublikowano zrewidowany luterański kodeks kościelny, który m.in. regulował sprawy sekularyzacji klasztorów w księstwie oraz wcielenie ich majątków do posiadłości księcia. W ten sposób dobiegła końca epoka klasztorna w dziejach klasztoru w Bad Doberan, choć w 1530 zdążył on otrzymać z rąk Karola V potwierdzenie swych przywilejów. 7 marca 1552 doszło do ugody między piastującym urząd opatem Nikolausem Peperkornem a księciem. Opat potwierdził księciu, że przekazuje mu dobrowolnie klasztor wraz z posiadłościami. Opat ze swym nadal żyjącym bratem udali się z powrotem do siostrzanego klasztoru cystersów w Pelplinie.