1 stycznia 1924 roku została erygowana samodzielna parafia pod wezwaniem Najświętszej Maryi Panny Niepokalanie Poczętej. Obejmowała ona wówczas oprócz wsi Główna także wieś Bogucin, Janikowo oraz Przedmieście Warszawskie. Posługę proboszcza powierzono ks. Antoniemu Chilomerowi. Rok później Główna stała się częścią Poznania. W 1936 roku z parafii wyłączono obszar Osiedla Warszawskiego, który został włączony do nowo utworzonej parafii pw. Chrystusa Odkupiciela.
W czasie II wojny światowej hitlerowscy okupanci zawiesili działalność parafii, aresztując przy tym proboszcza oraz innych kapłanów. Kościół został zamknięty i użytkowany jako magazyn mebli. Wnętrze zostało ograbione i zdewastowane. Po ustaniu działań wojennych nowym proboszczem został ks. Antoni Cieciora, który podjął się zadania odbudowy kościoła oraz organizacji życia religijnego. Poczyniono również wstępne projekty rozbudowy kościoła, które jednak nie zostały zrealizowane. W 1981 roku po śmierci ks. Cieciory urząd proboszcza objął ks. Kazimierz Frąckowiak. W okresie jego posługi w Bogucinie została postawiona i poświęcona kaplica filialna pod wezwaniem Matki Bożej Różańcowej. W 1983 roku zbudowano dom katechetyczny. W 1991 roku zmarł ks. Frąckowiak, dlatego też posługę proboszcza parafii zlecono ks. Andrzejowi Wojciechowskiemu.