W roku 1991 zrezygnowano z odgórnego wyznaczania klas czystości wody, a pojęcie to zaczęło oznaczać stan faktyczny, wyznaczony na podstawie monitoringu. Kryteria pozostały podobne, jednak zwrot „przeznaczone do” zastąpiono zwrotem „nadające się do”. Od tego momentu klasy czystości wód ustalane były na podstawie wyników monitoringu stanu czystości rzek i jezior.
Przez cały okres obowiązywania trójstopniowej skali czystości wód ogólna charakterystyka danej klasy nie ulegała dużym zmianom i wyglądała następująco: Klasa I – wody przeznaczone (od 1991 zdatne) do korzystania jako woda pitna (także jako źródło wody dla przemysłu wymagającego tak samo czystej wody oraz do hodowli ryb łososiowatych). Klasa II – wody przeznaczone (od 1991 zdatne) do korzystania jako woda dla zwierząt hodowlanych, także ryb innych niż łososiowate oraz do sportu i rekreacji. Klasa III – wody przeznaczone (od 1991 zdatne) do korzystania przez przemysł i rolnictwo.
Szczegółowe wskaźniki fizyczno-chemiczne i sanitarne wraz z dopuszczalnymi zakresami określane były w odpowiednich rozporządzeniach.