Dalsze doprecyzowanie tego systemu nastąpiło w kolejnych rozporządzeniach, które jednak ze względu na opóźnienia w przygotowaniu wartości referencyjnych niektórych wskaźników wymaganych przez RDW nadal nie uwzględniają ich wszystkich.
Pięć klas jakości stanu ekologicznego dotyczy wód powierzchniowych naturalnych. W przypadku cieków i zbiorników sztucznych lub silnie zmienionych mówi się o potencjale ekologicznym. Ocena dotyczy jednostek określanych jako jednolite części wód, które w przybliżeniu odpowiadają zbiornikom wodnym i odcinkom cieków wraz z mniejszymi dopływami.
Ogólny stan wód W przypadku wód powierzchniowych RDW oraz wdrażające ją akty prawa polskiego wyróżniają stan ekologiczny i chemiczny, a w przypadku wód podziemnych stan ilościowy i chemiczny, przy czym stan ogólny określony jest przez gorszy z nich. Stan ekologiczny wskazuje jakość (strukturę i funkcjonowanie) ekosystemu wodnego, stan chemiczny – warunki związane z zanieczyszczeniem, a stan ilościowy wskazuje stopień narażenia na bezpośrednie i pośrednie pobory wody.