Juan de Almoguera, O.S.T. (ur. 18 lutego 1605 w Kordobie, zm. 2 marca 1676 w Limie) – hiszpański duchowny katolicki, biskup Arequipy w latach 1659–1674, siódmy arcybiskup limski oraz prymas Peru od 1674.
Życiorys Urodził się w 1605 r. w Kordobie jako syn Juana de Almoguera i Cataliny Ramírez. Uczęszczał do kolegium jezuickiego w rodzinnej Kordobie, a po jego ukończeniu wstąpił do zakonu trynitarzy.
Przez jakiś czas wykładał teologię i filozofie w Kordobie i w Sewilli. Został też prowincjałem swojego zakonu w Andaluzji. Potem znalazł się na dworze króla Hiszpanii Filipa IV Habsburga.
13 lutego 1659 roku dzięki poparciu władcy został wybrany na ordynariusza Arequipy. Rok później uzyskał potwierdzenie swojej nominacji i został wyświęcony na biskupa w lutym 1661 r. w Cartagena de Indias. Rządy w diecezji objął 3 grudnia tego samego roku, będąc przyjęty przez wicekróla Peru Diego de Benavides y de la Cueva.
Jako biskup Arequipa wyróżniał się swoją gorliwość w kształceniu kleru i dokładnością w przestrzeganiu zasad liturgicznych. Konsekrował nową katedrę w Arequipa w 1673 r.