Wrodzone postacie związane są prawdopodobnie z zaburzeniami metabolizmu pirofosforanu wapnia (nadprodukcja tego związku, upośledzenie degradacji) i redukcją czynników hamujących krystalizację.
Przyczyny wtórnej chondrokalcynozy w przebiegu nieprawidłowości hormonalnych, takich jak: nadczynność tarczycy, niedoczynność tarczycy (niektóre publikacje zaprzeczają temu), nadczynność przytarczyc w przebiegu zaburzeń metabolicznych (dna moczanowa, hemochromatoza, hipofosfatazja) związana z hipomagnezemią w przebiegu terapii glikokortykoidami miejscowo zmiany charakterystyczne dla chondrokalcynozy mogą pojawiać się po zabiegu usunięcia łąkotki, w zaburzeniach stabilności stawu, w przebiegu skrobiawicy
Zwiększone odkładanie się dwuwodnego pirofosforanu wapnia, według jednego ze źródeł z 1983 roku, stwierdzono również w artropatii neurogennej. W tej samej publikacji podano też możliwy związek między odkładaniem się kryształów pirofosforanu wapnia i następującymi chorobami: nadciśnieniem tętniczym, niewydolnością nerek, cukrzycą, akromegalią, chorobą Pageta, chorobą Wilsona. Współistnienie złogów pirofosforanu wapnia i części z tych chorób opisano również w późniejszej publikacji z Tajlandii.