W trakcie dalszych badań, tym razem w lipcu 2007 roku doszło do pęknięcia konstrukcji i pokrycia kadłuba w obszarze mocowania zespołów podwozia głównego. Wykryte w strukturze kadłuba pęknięcia, które były wynikiem błędów konstrukcyjnych, zmusiły producenta do przeprojektowania samolotu (między innymi opracowano nowy statecznik pionowy) i ponownym uruchomieniu programu testów naziemnych o czym poinformowano w marcu 2008 roku. Prace zostały ukończone w 2009 roku i prototyp poddano badaniom w tunelu aerodynamicznym. W grudniu 2009 rozpoczęto testy naziemne, a 26 stycznia 2010 roku maszyna po raz pierwszy wzniosła się w powietrzeJapan's XC-2 Finally Flies, „Air Forces Monthly”, nr 3 (2010), s. 30, . Pierwszy lot samolotu o numerze ewidencyjnym 08-1201 (wcześniej maszyna otrzymała numer 88-1201 ale z powodu opóźnienie w oblocie musiano go zmienić. Pierwsza cyfra numeru ewidencyjnego oznaczała rok przyjęcia do służby. Cyfra 8 oznaczała 2008 rok a 0 - 2010) trwał 70 minut. W jego trakcie sprawdzono zachowanie się samolotu w powietrzu i podstawowe działanie awioniki i silników. Za sterami prototypu podczas jego oblotu siedzieli piloci doświadczalni wytwórni Satoshi Hasebe i Susuma Ishida.