Został zwolniony w maju 2007, przy zastosowaniu innych środków zapobiegawczych.
W czerwcu 2007 został skazany na karę 1,5 roku pozbawienia wolności przez sąd w Antwerpii za bezprawne zatrzymanie w tym mieście poszukiwanego Polaka.
W listopadzie 2008 przed Sądem Okręgowym w Katowicach rozpoczął się jego proces karny w związku z zarzutami dotyczącymi uczestnictwa w tzw. śląskiej mafii paliwowej. Krzysztof Rutkowski został oskarżony o polecenie pracownikom swego biura wystawienia faktur na 2,5 mln zł za fikcyjne usługi na rzecz innej firmy oraz o powoływanie się na wpływy w instytucjach państwowych. W marcu 2012 został skazany w tej sprawie na karę 2,5 roku pozbawienia wolności. Po odwołaniu się od wyroku w grudniu 2013 prawomocnie orzeczono wobec niego karę 1,5 roku pozbawienia wolności.
W 2012 rozpoczął się proces Krzysztofa Rutkowskiego oskarżonego m.in. o bezprawne prowadzenie działalności detektywistycznej, co dotyczyło czynów z 2003.