zrealizował on na przykład (wraz z Thomem Yorkiem) na potrzeby kompilacji Come Again (1997), wydanej przez EMI Records, cover znanego utworu Wish You Were Here, należącego do grupy Pink Floyd.
W roku 1998 wydany został przez Sparklehorse album Good Morning Spider (pol. Dzień dobry, pająku). Jeden z utworów znajdujących się na tym albumie, zatytułowany Saint Mary, dotyczy także nieszczęśliwego wypadku, jakiego Linkous doznał dwa lata wcześniej, w trakcie swojego pobytu w Londynie; a także rehabilitacji, której musiał się w związku z nim podjąć.
Trzy lata później, w roku 2001, Sparklehorse zaprezentowało także album It's a Wonderful Life (pol. To wspaniałe życie); na powstanie którego to, swój wpływ mieli także tacy szeroko rozpoznawani artyści muzyczni, jak: Tom Waits, PJ Harvey, John Parish, Nina Persson, Vic Chesnutt, czy Dave Fridmann — album ten przeszedł do historii jako najlepiej sprzedany album od Sparklehorse (w ilości 63.000 sprzedanych egzemplarzy). Jedna z piosenek obecnych na albumie, Piano Fire, znalazła się także na soundtracku znanej gry komputerowej, Life is Strange (wydanej w roku 2015)Istnieją dwie oficjalne wersje Piano Fire (dla obu wersji tego utworu, użyczyła także swojego głosu PJ Harvey).