Wtedy otrzymał też wysoki arystokratyczny tytuł markiza.

W 1571 roku brał udział w bitwie pod Lepanto, gdzie wyróżnił się, dowodząc częścią rezerw chrześcijańskiej floty.

Admirał W 1582 roku był głównodowodzącym floty hiszpańskiej w zwycięskiej bitwie morskiej pod Ponta Delgada przeciwko francuskiej flocie wspierającej portugalskiego pretendenta do tronu.

W czerwcu 1584 roku markiz został mianowany Admirałem Oceanu (capitán general del mar Océano).

W momencie, gdy wojna z Anglią stała się nieunikniona, Álvaro de Bazán opracował plan inwazji na Anglię, który zakładał wysłanie z Lizbony wielkiej floty liczącej 200 okrętów, mających na pokładach 60 tys. żołnierzy, w celu dokonania bezpośredniego desantu. Plan ten nie zyskał akceptacji króla, który pragnął wykorzystać walczącą w Niderlandach armię księcia Parmy.

Król Filip II mianował markiza naczelnym dowódcą Armady, był on najwyższym rangą hiszpańskim dowódcą morskim i najbardziej doświadczonym admirałem.