Sklepienia nawy głównej i południowej zawaliły się, ocalało natomiast sklepienie nawy północnejArno Krause: Rostock w: Götz Eckardt, Schicksale deutscher Baudenkmale im zweiten Weltkrieg, wyd. Henschel-Verlag, Berlin, 1978. Tom 1. s. 61-63. W trakcie niezdecydowanej odbudowy wieża została zabezpieczona tymczasowym zadaszeniem a nawę środkową przekryto płaskim drewnianym stropem o wysokości 24 m. Poza tym zamurowano arkady między nawą środkową a nawami bocznymi, zaś ściany nawy głównej pobielono wapnem. Wieży kościelnej nie odbudowano.
W 1994 w ramach specjalnego, rządowego programu renowacji miast, za pieniądze pochodzące od władz landu i miasta oraz z darowizn i funduszu ochrony zabytków odbudowano hełm wieży, pokrywając go miedzianą blachą, dzięki czemu kościół św. Piotra na powrót stał się symbolem Rostocku. Na wieży utworzono poza tym platformę widokową na wysokości 45 m, na którą można wspiąć się po 195 wąskich stopniach schodów lub wjechać windą. Z platformy przy dobrej pogodzie rozciąga się daleki widok na miasto Rostock, Warnemünde i Bałtyk.