Koniec wojny i lata powojenne Dr Tramsen został aresztowany przez gestapo 28 lipca 1944 r. na podstawie donosu. Zatrzymanie dr. Tramsena miało związek z jego udziałem w akcji zbrojnej na niemiecki magazyn broni. Został osadzony w więzieniu Vestre Fængsel w Kopenhadze, gdzie był torturowany. W związku z jego udziałem w badaniu zbrodni katyńskiej Niemcy nie zdecydowali się na deportację Tramsena do obozu koncentracyjnego w Niemczech, lecz wywieźli go we wrześniu 1944 r. do obozu pracy przymusowej we Frøslev na Jutlandii, gdzie był więziony do końca wojny.
Świadczenie prawdy w sprawie katyńskiej przysporzyło dr. Tramsenowi wielu wrogów i problemów zawodowych w Danii. W 1945 r. został bez powodu usunięty z Instytutu Medycyny Sądowej i stał się celem ataków komunistycznych (szkalowanie w lewicowych mediach, wybijanie szyb w jego mieszkaniu, oskarżenia o kolaborację z Niemcami).