Wojska niemieckie zajęły Boguchwałę 6 września 1939. Z nakazu okupanta 7 marca 1940 na terenie gminy powstała Rada Żydowska, w której stanowisko zastępcy przewodniczącego objął Dawid Goldblatt z Boguchwały. W lipcu 1940 do Boguchwały trafiło 50 osób ze zlikwidowanego getta w Krakowie. 8 maja 1942 władze niemieckie wywiozły krakowskich Żydów do getta w Rzeszowie, natomiast miejscowe rodziny Apfelbaumów, Goldblattów, Hirschornów, Kranzów, Leberów, Reichentheilów i Sturmlauferów najpierw do Czudca, a stamtąd do Rzeszowa niedługo przed likwidacją getta w lipcu 1942.
Polską działalnością konspiracyjną na terenie Boguchwały kierował od 1940 ppor. Józef Klimczak ps. Piwko, który podporządkował swoją organizację Armii Krajowej w 1942 tworząc 39. placówkę Obwodu AK Rzeszów. Klimczak zginął na polach zwięczyckich 28 lipca 1944 w starciu z siłami Wehrmachtu i żandarmerii niemieckiej, prowadząc miejscowy oddział AK na odsiecz oddziałowi specjalnemu Batalionów Chłopskich ze Strzyżowa pod dowództwem Piotra Włodyki ps. Krak, który w ramach akcji „Burza” zorganizował zasadzkę na wycofujących się Niemców przy spalonym moście na Lubczy obok młyna Smelów w Boguchwale.